Le Syndicat Mixte des Marais, de la Vie, du Ligneron et du Jaunay agit à deux niveaux : la lutte contre les espèces végétales invasives et la lutte contre les ragondins et rats musqués.
Plantes exotiques envahissantes
Le bassin versant de la Vie et du Jaunay est confronté à la présence de plantes exotiques envahissantes, en particulier aquatiques, qui engendrent de nombreux impacts sur les milieux humides tels que les marais, les cours d’eau et les plans d’eau, ainsi que sur les usages associés.
Au vu de l’évolution du nombre de sites colonisés ces dernières années et de l’arrivée de nouvelles espèces sur l’ensemble du département, un plan de gestion des plantes exotiques envahissantes a été défini à l’échelle du bassin versant. Ce document, réalisé en concertation avec les acteurs locaux, a été rédigé par le Syndicat Mixte des Marais, de la Vie, du Ligneron et du Jaunay, avec l'appui du Conservatoire des Espaces Naturels, et à la demande du Conseil Départemental de la Vendée qui soutient financièrement cette démarche.

Régulation des rongeurs aquatiques nuisibles
Le ragondin et le rat musqué sont deux espèces d'origine tropicale importées et exploitées à l'origine en Europe pour leur fourrure. Depuis, elles ont proliféré, entraînant de nombreux impacts dans les marais et cours d'eau.
Coordonnée à l'échelle de la Vendée par la Fédération Départementale des Groupements de Défense contre les Organismes Nuisibles, la lutte est réalisée, sur le bassin versant aval de la Vie et du Jaunay, par le Syndicat Mixte des Marais, de la Vie, du Ligneron et du Jaunay depuis le 1er août 2004.
Le Syndicat organise et anime un réseau de piégeurs et chasseurs bénévoles, verse une prime par animal tué et apporté aux lieux de collecte. Il assure également une partie du piégeage et du tir.